Кроме предмета договора, обращайте внимание на несогласованные перепланировки, "красные линии". Даже если красные линии есть в той части здания или помещения, которая является частью этого же объекта, но которую вы не арендуете, регистратор имеет право приостановить регистрацию договора. То есть из-за чужой несогласованной перепланировки могут отказаться регистрировать ваш договор.
Решение - обязать арендодателя согласовать эти красные линии. Либо не связываться с этим помещением. Имейте в виду, что объект может быть самовольно реконструирован, и тогда красные линии оказываются несогласуемыми, а страдать из-за этого вам.
Следующее, что нужно проверить - полномочия сторон договора. Убедитесь, что те, кто подписал договор, имеют на это право. Например, если от арендодателя договор подписывает не собственник, а управляющая компания, нужно проверить договор доверительного управления. Если подписывает представитель лица по доверенности, проверить, что в доверенности есть полномочия заключать и подписывать договоры аренды. И что доверенность или иной документ, подтверждающий полномочия лица, подписавшего договор аренды, действует на момент подписания договора аренды.
Заверенные стороной договора копии документов, подтверждающих полномочия, нужно предоставлять на государственную регистрацию вместе с оригиналами договоров аренды.
Наконец, если вы субарендатор, или арендуете объект у государственного учреждения, для регистрации договора нужно предоставить согласие собственника объекта недвижимости.
В случае с субарендой это не обязательно только если основным договором аренды оговорено, что арендатор может сдавать помещения в субаренду без согласия собственника.
Государственные учреждения владеют объектами недвижимости на праве оперативного управления или хозяйственного ведения. Чтобы заключить договор аренды, им нужно согласие собственника объекта. В Москве это ДГИ г. Москвы для московских госучреждений, и ТУ Росимущества для федеральных госучреждений.
Если помещение находится в залоге, для заключения договора аренды может потребоваться согласие залогодержателя, например, банка. Нужно согласие, или нет, определяется договором ипотеки. Чаще оно нужно. Если оно не требуется, лучше попросить у арендодателя копию страницы договора с указанием на это, и приобщить ее к пакету документов на регистрацию.