Плюсы: можно обратиться по любому региону, не отходя от компьютера. Минусы: все документы должны быть заверены электронной подписью. И если с кадастровым учетом все просто - технический план, межевой план и акт обследования изначально подготавливается в виде электронного документа, то с регистрацией могут возникнуть сложности: электронные подписи на документах должны быть тождественны рукописным.
То есть, если основание для регистрации - договор купли-продажи, то для подачи документов в электронном виде он должен быть одновременно заверен электронными подписями и продавца, и покупателя.
Мы часто подаем заявления о кадастровом учете по подготовленным нами техническим и межевым планам именно в электронном виде, на основании нотариально удостоверенности доверенности с электронной подписью нотариуса. А вот большую часть заявлений о государственной регистрации прав подаем в МФЦ уже лично, потому что мало кто может заверить электронными подписями правоустанавливающие документы или договор аренды.
Подытожим: юридические лица должны подавать заявления на кадастровый учет и регистрацию в МФЦ. В Москве заявления принимают только в специализированных МФЦ. В Московской области - любое МФЦ. Перед подачей документов лучше заранее записаться.